OHNOLOGS

A Repository of Genes Retained from Whole Genome Duplications in the Vertebrate Genomes

Ohnolog families for zebra Finch (Taeniopygia guttata) for criterion: q-score(outgroups) < 0.01 AND q-score(self comparison) < 0.01 from 2R WGD

Family Size	Ohnolog Family
2	CPNE2	CPNE3
3	ENSTGUG00000001112	SRGAP3	SRGAP1
3	ENSTGUG00000007131, ZBTB46	ZBTB10	ZBTB8A, ENSTGUG00000018465\| ENSTGUG00000001374
3	ENSTGUG00000015467, ENSTGUG00000010523	ATP11A	ATP11C
3	ENSTGUG00000015721, ENSTGUG00000012700	PTP4A1	ENSTGUG00000017343, ENSTGUG00000017341
2	ENSTGUG00000014538, ENSTGUG00000004707	STX3
2	ENSTGUG00000016603, ENSTGUG00000007685	ENSTGUG00000006312
2	UBR2	UBR1
3	ENSTGUG00000015263, MGAT4B	MGAT4A	MGAT4D
2	CDCA7	CDCA7L
3	ENSTGUG00000014369, ENSTGUG00000011490	ENSTGUG00000000952, ENSTGUG00000000944	FGD3
2	ENSTGUG00000015323, ENSTGUG00000007111, ENSTGUG00000014326	ULK1
2	ENSTGUG00000015572, ENSTGUG00000015578\| HOXC6	HOXB8
2	SEZ6L	SEZ6
4	PDZD3	SLC9A3R1	SLC9A3R2	PDZK1
3	ENSTGUG00000011644, ENSTGUG00000016670	ENSTGUG00000010025	JAKMIP2
3	HDAC7	HDAC4	HDAC9
2	RPRD1B	RPRD1A
3	ENSTGUG00000011692	NKX6-3	NKX6-1
2	CDK17	CDK18
2	SLC44A5	SLC44A2
2	ENSTGUG00000001757, ENSTGUG00000015575	NPFFR1
3	ENSTGUG00000015059, ENSTGUG00000000871	ENSTGUG00000015222, ENSTGUG00000001856\| ENSTGUG00000001847, ENSTGUG00000016866	ENSTGUG00000006860
3	LGI2\| ENSTGUG00000009517, ENSTGUG00000013999	ADGRA2	LGI1\| ADGRA1
2	LCORL	LCOR
2	VPS13A	ENSTGUG00000005322, ENSTGUG00000005229
3	MYH10	MYH11	MYH9
3	ENSTGUG00000007682, ENSTGUG00000014347	HOMER1	HOMER3
4	ELAVL2	ELAVL4	ELAVL1	ELAVL3
4	GRIA2	GRIA3	GRIA4	GRIA1
2	CLTA	CLTB
3	VRK3	VRK1	VRK2
3	ENSTGUG00000006572	ENSTGUG00000005501\| CLDN18	CLDN10
3	ENSTGUG00000014629, ENSTGUG00000007473, ENSTGUG00000014502	ANKRD13B	ANKRD13D
2	STAU2	STAU1
2	ENSTGUG00000015271, ENSTGUG00000005518	INPP5J
4	ENSTGUG00000017227	ROBO3	ENSTGUG00000013538, ENSTGUG00000013539\| ROBO1	ROBO4
2	ENSTGUG00000011455, ENSTGUG00000011454	FAM175A
2	NT5C3B	NT5C3A
2	CABP1	CABP2
2	DRAM1	DRAM2
6	ENSTGUG00000015696, ENSTGUG00000007067\| PKP3	ENSTGUG00000016520, ENSTGUG00000011516	PKP1	PKP4	ARVCF	CTNND2
3	SCGN	CALB2	CALB1
3	ABCC2	ABCC3	ABCC1\| ABCC6
3	PLCXD1	PLCXD2	PLCXD3
3	ENSTGUG00000007056, ENSTGUG00000015431	PPP3CA	PPP3CC
3	SLC4A2	SLC4A1	SLC4A3
2	ETV7	ETV6
3	ENSTGUG00000012696	ENSTGUG00000015316	KCNQ1
2	ENSTGUG00000009791, ENSTGUG00000014120, ENSTGUG00000013688	FRMD4A
5	ENSTGUG00000014539, ENSTGUG00000002904	ABCA4	ABCA7	ABCA2	ABCA1
2	ABCG2	ENSTGUG00000007742
2	MPRIP	TRIOBP
2	PDE8A, ENSTGUG00000007621, ENSTGUG00000015441	PDE8B
2	SOSTDC1	SOST
3	HK1\| HKDC1	GCK	HK3
3	PIK3C2A	PIK3C2G	PIK3C2B
2	SLC25A25	ENSTGUG00000004615
2	ENSTGUG00000008595, ENSTGUG00000017069	MCTP1
3	PPFIA4	PPFIA2	PPFIA1
2	SEMA5B	SEMA5A
2	ENSTGUG00000004040	ENSTGUG00000009077
3	ARHGAP40	ARHGAP18	ARHGAP28
2	WTIP	LIMD1
2	PRRC2C	PRRC2B
2	ENSTGUG00000016094, ENSTGUG00000010026	MYL9
2	KIF13B	KIF13A
2	TBX19	T
2	FAM107A	FAM107B
3	ENSTGUG00000016216, ENSTGUG00000001175, FAM13B	FAM13C\| ENSTGUG00000005540	ENSTGUG00000003064, ENSTGUG00000003051
3	ENSTGUG00000015208, ENSTGUG00000001158	COL13A1	COL25A1
2	AK4	AK3
2	FEM1A	FEM1C-Z
2	EEF1A1	EEF1A2
2	ENSTGUG00000009123, ENSTGUG00000014521	PRKAR2B
2	SPPL2A	SPPL2B
2	LDHB	ENSTGUG00000008930\| UEVLD
3	ENSTGUG00000017820	ENSTGUG00000017758	ENSTGUG00000017653
2	TMEM2	CEMIP
4	ENSTGUG00000001508	DLC1	STARD8	STARD13
2	CSMD2	CSMD1
2	TBK1	IKBKE
2	DSCAML1	DSCAM
2	CTCFL	CTCF
3	PDE1A	PDE1C	PDE1B
2	ENSTGUG00000002217, ENSTGUG00000002209	CDK13
2	NR5A2	NR5A1
2	NOTCH1	NOTCH2
2	FOSL2	FOS
2	ENSTGUG00000008681, ENSTGUG00000013852	PTPN2
3	CBX3	CBX1	CBX5
2	HOXA7	HOXB7
2	ENSTGUG00000014458, ENSTGUG00000015839	MAPK6
3	ENSTGUG00000008037, ENSTGUG00000016609, ENSTGUG00000017441	DOCK9	DOCK11
2	ESR1	PGR
2	ENSTGUG00000001412	MTMR9
2	ENSTGUG00000004703, ENSTGUG00000004711	CACNA2D1
5	ENSTGUG00000016529, ENSTGUG00000004612	TMC5\| TMC7	TMC3	TMC6	TMC1
4	ENSTGUG00000014575, ENSTGUG00000015571, ENSTGUG00000001440\| GABRA1\| ENSTGUG00000001461	ENSTGUG00000014929, ENSTGUG00000006374\| GABRA3	GABRA4\| GABRG1\| GABRA2	GABRA5\| GABRG3
2	LRP5	LRP6
3	ENSTGUG00000001610, ENSTGUG00000014460	PSD	PSD3
3	LSAMP	NEGR1	OPCML\| NTM
2	GRAMD3	GRAMD2
2	HNRNPAB	HNRNPD\| HNRNPDL
2	UPP1	UPP2
3	ENSTGUG00000014125	ENSTGUG00000009569	PRKAA1
2	TEK	TIE1
2	PHRF1	SCAF11
2	TIAM1	ENSTGUG00000011142, ENSTGUG00000011149
3	ENSTGUG00000004384	PAK2	PAK1
2	ZMIZ2	ZMIZ1
2	REEP5	REEP6
2	INPP4B	INPP4A
2	ENSTGUG00000012081, ENSTGUG00000014643	FAM161A
2	BPIFC	PLTP
2	ENSTGUG00000006334, ENSTGUG00000016343	GPSM2
3	CCNG1	CCNI2	CCNI\| CCNG2
3	FMNL2	FMNL3	FMNL1
2	MPPED1	MPPED2
2	CHORDC1	ITGB1BP2
6	AGTR2	ACKR3	AGTR1	BDKRB2	GPR15	GPR182
2	ENSTGUG00000004649, ENSTGUG00000016550	IKBKB
2	MYO1E	ENSTGUG00000000346
2	ENSTGUG00000016480, ENSTGUG00000002289	ENSTGUG00000013062, ENSTGUG00000013061
2	SLAIN1	ENSTGUG00000005475
4	MARCO	LOXL4	LOXL2	LOXL1
3	AMOTL2	AMOT	AMOTL1
2	PDZRN3	PDZRN4
3	ENSTGUG00000013359, ENSTGUG00000014917	FAM46B	FAM46D
3	MAST4	MAST3	MAST2
2	RAB9B	RAB9A
4	ENSTGUG00000016320	ENSTGUG00000001484, ENSTGUG00000001483	ENSTGUG00000012991	ODZ1
2	ENSTGUG00000016319, ENSTGUG00000005786	SLC16A10
2	COL11A1	COL5A1
3	CNGA1	CNGA3	CNGA2
3	ENSTGUG00000016353, ENSTGUG00000013670, ENSTGUG00000013796, ENSTGUG00000005536\| EPB42\| ENSTGUG00000005513, ENSTGUG00000015474	F13A1	ENSTGUG00000009269
2	GALNTL6	GALNT10
3	CACNG4	CACNG2	CACNG3
5	ENSTGUG00000015775, ENSTGUG00000004556	ENSTGUG00000004265	ENSTGUG00000016005	UNC5C	UNC5A
4	ENSTGUG00000016113	ENSTGUG00000012529, ENSTGUG00000012538	CACNA1D	CACNA1S
2	ENSTGUG00000001514, ENSTGUG00000015940	CALCRL
3	ENSTGUG00000016232	PCBP4	PCBP3
2	ENSTGUG00000016754, ENSTGUG00000002547	ENSTGUG00000005357, PER2
2	ENSTGUG00000009224	ENSTGUG00000004133
2	ENSTGUG00000016360, ENSTGUG00000007912	WDFY2
3	RASSF3	RASSF1	RASSF5
3	ADGRG6	ADGRG2	ADGRG1\| ADGRG3
2	MICU3	MICU2
2	ENSTGUG00000002010	CETN1
2	CSNK1D	CSNK1E
2	ENSTGUG00000014828, ENSTGUG00000013319	ZNF362
2	ORMDL3	ORMDL1
2	ENSTGUG00000016432, ENSTGUG00000014486, ENSTGUG00000002380	PLEK2
2	SLK	STK10
3	STK32A	STK32B	STK32C
2	NR2C2	NR2C1
2	ENSTGUG00000010602, ENSTGUG00000015538, ENSTGUG00000013827	PEX5
2	TCF12	TCF3
3	ENSTGUG00000008516, ENSTGUG00000014551	CYP27C1\| CYP27A1	CYP11A1
3	MYOD1	MYOG	MYF6\| MYF5
2	GRM2	GRM3
2	ENSTGUG00000015253, ENSTGUG00000004544	PRKCQ
2	ENSTGUG00000006567	ENSTGUG00000011974
4	ENSTGUG00000014146, ENSTGUG00000011857	DCLK3	DCLK2	DCX
2	ENSTGUG00000014226, ENSTGUG00000011668	IMPA2
2	KDM2A	KDM2B
3	GPC5	ENSTGUG00000005477	GPC3
2	ENSTGUG00000014432, ENSTGUG00000008916	ZFYVE16
3	ENSTGUG00000007678, ENSTGUG00000016969	CA8\| CA2, ENSTGUG00000018183, CA13, ENSTGUG00000018507	CA7
3	ANK2	ANK1	ANK3
2	SLC38A4\| SLC38A2	SLC38A3
3	ENSTGUG00000015408, ENSTGUG00000008235	ENSTGUG00000014771, ENSTGUG00000017029, ENSTGUG00000001419	ATP10A
2	ENSTGUG00000007705, ENSTGUG00000016429	BTBD2
2	ENSTGUG00000006187, ENSTGUG00000016800	SEC16B
2	GIPC3	GIPC2
2	WNT5A	WNT5B
2	ENSTGUG00000015181, ENSTGUG00000012947, ENSTGUG00000012955	SYNE1
2	HOXA11	HOXD12\| HOXD11
2	RALB	RALA
4	ENSTGUG00000014154, ENSTGUG00000015276, SLC26A4\| ENSTGUG00000003181\| ENSTGUG00000002808	ENSTGUG00000000228, ENSTGUG00000015539	SLC26A1	SLC26A9
2	ST6GALNAC3\| ST6GALNAC5	ST6GALNAC6\| ST6GALNAC4
2	ENSTGUG00000005351	RGL1
2	ENSTGUG00000011781	ABRA
4	GRIK1	GRIK4	GRIK3	GRIK2
2	ZIC1\| ZIC4	ZIC3
2	C8B\| C8A	C6\| C7\| C9
2	RIMBP2	BZRAP1
3	ENSTGUG00000001271, ENSTGUG00000001263, ENSTGUG00000001273, ENSTGUG00000001270, ENSTGUG00000017065, ENSTGUG00000016623	ENSTGUG00000006460\| PLA2R1, ENSTGUG00000015699	MRC2
3	FAM49A	ENSTGUG00000001249	FAM49B
2	AXIN2	AXIN1
2	HTR3A	ENSTGUG00000008780
2	ENSTGUG00000013967, ENSTGUG00000000905	SBNO1
3	ENSTGUG00000017051, ENSTGUG00000012766	TRPC3	TRPC7
3	TET3	TET1	TET2
5	ENSTGUG00000004192\| ENSTGUG00000005736, ENSTGUG00000015897	R3HDML	PI15\| CRISPLD1	GLIPR1, ENSTGUG00000007376	PI16
3	ENSTGUG00000010259	ENSTGUG00000016596, ENSTGUG00000016592	ENSTGUG00000003777
6	ENSTGUG00000002160, ENSTGUG00000014993	FGF5	FGF16	FGF12	FGF20	FGF9\| FGF14
6	ENSTGUG00000017158, ENSTGUG00000014312	ENSTGUG00000014525, ENSTGUG00000010292	ENSTGUG00000011397, CPXM2	AEBP1	CPE	CPN1
2	MED13L	MED13
3	ENSTGUG00000003263	AHRR	AHR
2	METTL11B	NTMT1
2	ENSTGUG00000001390, ENSTGUG00000013780	SLC25A39
4	ENSTGUG00000016940, ENSTGUG00000009441\| MC5R	MC3R	MC4R	MC1R
3	ENSTGUG00000017284, ENSTGUG00000004555	ENSTGUG00000002798, ENTPD2\| ENTPD8, ENSTGUG00000014975	ENTPD7
2	GPATCH2	GPATCH2L
2	ARHGAP39	ENSTGUG00000003078
3	ENSTGUG00000005207, ENSTGUG00000016381	KDM3B	ENSTGUG00000010803, ENSTGUG00000010832
2	YAF2	ENSTGUG00000016892
4	ENSTGUG00000016955, ENSTGUG00000001387	RUFY1	RUFY2	RUFY3
2	ANO1	ANO2
2	ENSTGUG00000015762, ENSTGUG00000011881	CCNA2
4	AFF4	ENSTGUG00000010075, ENSTGUG00000010070	AFF1	AFF2
2	ENSTGUG00000011748	ENSTGUG00000002359, ENSTGUG00000002353
2	KCNK17	ENSTGUG00000013021
2	OSBPL10	OSBPL11
2	GYG2	GYG1
3	ENSTGUG00000000416	ENSTGUG00000008429, ENSTGUG00000008410	ARHGEF28
3	ENSTGUG00000017616, ENSTGUG00000017624	ENSTGUG00000017818	ENSTGUG00000017806
2	FEZF2	FEZF1
2	ENSTGUG00000005025	NF2
2	TMEM30A	TMEM30C
3	ENSTGUG00000006887, ENSTGUG00000015216	DRP2	ENSTGUG00000010792, ENSTGUG00000010789, ENSTGUG00000010791
2	EZH1	EZH2
3	KCNIP1	KCNIP4	KCNIP2
4	DEPDC1B	DEPDC4	DEPDC7	DEPDC1
2	NLN	THOP1
6	MMP24	MMP15	MMP11	MMP17	MMP16	MMP7\| MMP13
2	PHF20	ENSTGUG00000012561, ENSTGUG00000012558
3	ENSTGUG00000017182, ENSTGUG00000009847	TFEC	TFEB
2	ENSTGUG00000013790, ENSTGUG00000002901	ENSTGUG00000015684, ENSTGUG00000012084
2	DLL1	DLL4
2	CRYAB	ENSTGUG00000005872
2	TSPAN6	ENSTGUG00000006670
2	IGSF9	IGSF9B
2	ENSTGUG00000008921, LRRC16A	RLTPR
2	ENSTGUG00000005932, ENSTGUG00000017086	ENSTGUG00000013916, ENSTGUG00000010449
2	RERE	ATN1
2	ENSTGUG00000002222, ENSTGUG00000002226	ENSTGUG00000010630
2	ENSTGUG00000016574, ENSTGUG00000004624	FAM149A
2	KSR2	KSR1
2	ENSTGUG00000002823	FDX1
3	SYTL4	SYTL2	SYTL5
3	ENSTGUG00000016014, ENSTGUG00000010696	ST3GAL3	ST3GAL1
2	PGM2L1	PGM2
6	ENSTGUG00000013912, ENSTGUG00000009905	SLC5A11	SLC5A8	SLC5A12	SLC5A3	ENSTGUG00000015599
2	PRELID3B	PRELID3A
3	PCDH1	ENSTGUG00000012481\| PCDH9	ENSTGUG00000002396
4	ANGPT4	FGG\| FGB	ANGPTL2	ANGPTL1
2	FRRS1	FRRS1L
3	RNF138	RNF114	RNF166
3	ENSTGUG00000001721, ENSTGUG00000001719	SMTNL2	SMTN
2	ENSTGUG00000010344, ENSTGUG00000010330	ERBB2IP
2	STX7	STX12
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3	E2F2	E2F3	E2F6
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2	WNT9A	WNT9B
3	SYT1	SYT2	SYT8
5	CDH12\| CDH9\| CDH10\| CDH20\| CDH6	CDH18	CDH7\| CDH19	CDH8\| CDH11\| CDH5	CDH22
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4	KCTD8	KCTD12	ENSTGUG00000000129	ENSTGUG00000005525
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2	POU4F2	ENSTGUG00000005421
2	ATG4B	ATG4A
2	ENSTGUG00000013784, ENSTGUG00000009366	TMEM59L
3	GRINA	FAIM2	TMBIM1
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2	ELOVL1	ELOVL7
2	ENSTGUG00000011070, ENSTGUG00000014402	APPL1
4	TCEA2	TCEA3	TCEA1	TCEANC
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2	IRF2BP2	IRF2BPL
3	ENSTGUG00000000632, ENSTGUG00000017354	ENSTGUG00000013397	B3GAT2
3	ENSTGUG00000016167, ENSTGUG00000016757, ENSTGUG00000008261	SLC19A2	ENSTGUG00000016708, ENSTGUG00000016717
2	RAB33B	RAB33A
3	TSC22D2	TSC22D3	TSC22D1
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3	ENSTGUG00000001593, ENSTGUG00000014723	ADAMTS2	ADAMTS14
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2	ENSTGUG00000016032, ENSTGUG00000011192	DDHD2
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2	TARS	TARS2
2	ENSTGUG00000005850	ENSTGUG00000000135
2	FBXL20	FBXL2
3	RAC3	RAC2	RAC1
3	SNAP91	ENSTGUG00000003960	PICALM
4	WASF3	WASF2	ENSTGUG00000005769	WASF1
2	ENSTGUG00000004862, ENSTGUG00000013925	LETM1
2	GNAQ	GNA11
3	DUSP22	DUSP15	ENSTGUG00000004124
2	RHOT1	RHOT2
2	ROR2	ROR1
2	STK38L	STK38
3	NEUROD6	NEUROD4	NEUROD2
3	ENSTGUG00000014218, ENSTGUG00000007315	ST18	ENSTGUG00000012970, ENSTGUG00000012971
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3	RORB	RORA	ENSTGUG00000000264
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2	ENSTGUG00000013713, ENSTGUG00000002965	HERC4
3	MAN1A2	MAN1C1	MAN1A1
2	STK39	OXSR1
2	EPN2	EPN3
2	PLEKHO1	ENSTGUG00000009006
2	TAS1R3\| TAS1R1	GPRC6A
3	KCTD17	KCTD5	KCTD2
4	SH3BGRL3	SH3BGRL	SH3BGR	SH3BGRL2
2	CSGALNACT1	CSGALNACT2
2	ENSTGUG00000009700, ENSTGUG00000016950	HOOK3
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2	ENSTGUG00000001545, ENSTGUG00000001541	MTHFD2
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2	ENSTGUG00000013411, ENSTGUG00000004955	ENSTGUG00000012542
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3	ENSTGUG00000014759, ENSTGUG00000017131, ENSTGUG00000002439	VIL1	VILL
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3	TMEM132E	ENSTGUG00000004905, ENSTGUG00000004891\| TMEM132C, TMEM132D	TMEM132A
4	tgu-let-7c-1, tgu-let-7c-1	tgu-let-7a-3	ENSTGUG00000017974	ENSTGUG00000018028
2	FAM102B	ENSTGUG00000003550, ENSTGUG00000003535
3	PAK7	ENSTGUG00000007255	PAK4
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2	TBPL2	TBP
5	SLC9A2, ENSTGUG00000009828, ENSTGUG00000014767	SLC9A1	ENSTGUG00000002535	SLC9A5	SLC9A3
3	LEF1	TCF7	TCF7L2
3	IRS4	IRS1	IRS2
3	ENSTGUG00000003423	HOXD3	ENSTGUG00000002902
2	PAPSS1	PAPSS2
2	SLC44A1	SLC44A3
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2	GPRC5C	GPRC5B
4	ASIC4	ENSTGUG00000016020	ENSTGUG00000003215, ENSTGUG00000003212	ASIC1
2	ENSTGUG00000004952, ENSTGUG00000014930	ZDHHC7
2	C1QTNF8	C1QTNF1
2	IFRD2	IFRD1
12	ENSTGUG00000014721, ENSTGUG00000004946	TRIM36	MID1	TRIM67	TRIM13	TRIM63	TRIM54	ENSTGUG00000011169	ENSTGUG00000013815	TRIM9	TRIM55	TRIM46
2	HINT1	HINT2
2	CDR2	CDR2L
3	CSNK1G2	CSNK1G1	CSNK1G3
2	PCYT1A	PCYT1B
2	ENSTGUG00000015359, ENSTGUG00000012418	NAA15
2	PAOX	SMOX
2	AHSA2	AHSA1
2	FERMT2	FERMT1
2	PTPRR	PTPN7
2	ENSTGUG00000006949, SSBP2	SSBP3
2	ENSTGUG00000014191, ENSTGUG00000007026	DMXL1
2	ENSTGUG00000014286, ENSTGUG00000013554	ENSTGUG00000016795, ENSTGUG00000000662
2	UPF3B	UPF3A
3	ANXA4	ANXA1	ANXA11
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2	TNIK	MAP4K4
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2	ENSTGUG00000014513, ENSTGUG00000011015	PRDM16
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