OHNOLOGS

A Repository of Genes Retained from Whole Genome Duplications in the Vertebrate Genomes

Ohnolog families for zebra Finch (Taeniopygia guttata) for criterion: q-score(outgroups) < 0.05 AND q-score(self comparison) < 0.3 from 2R WGD

Family Size	Ohnolog Family
2	CPNE2	CPNE3
3	ENSTGUG00000001112	SRGAP3	SRGAP1
2	ENSTGUG00000015017, ENSTGUG00000005527	SLC16A14
2	ENSTGUG00000005186	ENSTGUG00000003258
6	ENSTGUG00000007131, ZBTB46	ZBTB2	ZBTB10	ZBTB49	ZBTB5	ZBTB8A, ENSTGUG00000018465\| ENSTGUG00000001374
3	ENSTGUG00000015467, ENSTGUG00000010523	ATP11A	ATP11C
3	ENSTGUG00000015721, ENSTGUG00000012700	PTP4A1	ENSTGUG00000017343, ENSTGUG00000017341
2	ENSTGUG00000014538, ENSTGUG00000004707	STX3
2	ENSTGUG00000016603, ENSTGUG00000007685	ENSTGUG00000006312
2	UBR2	UBR1
3	ENSTGUG00000015263, MGAT4B	MGAT4A	MGAT4D
2	CDCA7	CDCA7L
3	ENSTGUG00000014369, ENSTGUG00000011490	ENSTGUG00000000952, ENSTGUG00000000944	FGD3
2	ENSTGUG00000015323, ENSTGUG00000007111, ENSTGUG00000014326	ULK1
2	ENSTGUG00000015572, ENSTGUG00000015578\| HOXC6	HOXB8
2	SEZ6L	SEZ6
4	PDZD3	SLC9A3R1	SLC9A3R2	PDZK1
3	ENSTGUG00000011644, ENSTGUG00000016670	ENSTGUG00000010025	JAKMIP2
3	HDAC7	HDAC4	HDAC9
2	RPRD1B	RPRD1A
3	ENSTGUG00000011692	NKX6-3	NKX6-1
2	CDK17	CDK18
2	SLC44A5	SLC44A2
2	ENSTGUG00000001757, ENSTGUG00000015575	NPFFR1
3	ENSTGUG00000015059, ENSTGUG00000000871	ENSTGUG00000015222, ENSTGUG00000001856\| ENSTGUG00000001847, ENSTGUG00000016866	ENSTGUG00000006860
3	LGI2\| ENSTGUG00000009517, ENSTGUG00000013999	ADGRA2	LGI1\| ADGRA1
2	LCORL	LCOR
2	VPS13A	ENSTGUG00000005322, ENSTGUG00000005229
3	MYH10	MYH11	MYH9
3	ENSTGUG00000007682, ENSTGUG00000014347	HOMER1	HOMER3
4	ELAVL2	ELAVL4	ELAVL1	ELAVL3
4	GRIA2	GRIA3	GRIA4	GRIA1
2	CLTA	CLTB
3	VRK3	VRK1	VRK2
3	ENSTGUG00000006572	ENSTGUG00000005501\| CLDN18	CLDN10
2	ENSTGUG00000016705, ENSTGUG00000011237	PSEN2
3	ENSTGUG00000014629, ENSTGUG00000007473, ENSTGUG00000014502	ANKRD13B	ANKRD13D
2	STAU2	STAU1
2	ENSTGUG00000015271, ENSTGUG00000005518	INPP5J
4	ENSTGUG00000017227	ROBO3	ENSTGUG00000013538, ENSTGUG00000013539\| ROBO1	ROBO4
2	ENSTGUG00000011455, ENSTGUG00000011454	FAM175A
2	NT5C3B	NT5C3A
2	CABP1	CABP2
2	DRAM1	DRAM2
3	ENSTGUG00000017053, ENSTGUG00000009156	HPRT1	PRTFDC1
6	ENSTGUG00000015696, ENSTGUG00000007067\| PKP3	ENSTGUG00000016520, ENSTGUG00000011516	PKP1	PKP4	ARVCF	CTNND2
3	SCGN	CALB2	CALB1
3	ABCC2	ABCC3	ABCC1\| ABCC6
3	PLCXD1	PLCXD2	PLCXD3
2	ARHGEF10	ARHGEF10L
3	ENSTGUG00000007056, ENSTGUG00000015431	PPP3CA	PPP3CC
3	SLC4A2	SLC4A1	SLC4A3
2	ETV7	ETV6
3	ENSTGUG00000012696	ENSTGUG00000015316	KCNQ1
2	ENSTGUG00000009791, ENSTGUG00000014120, ENSTGUG00000013688	FRMD4A
5	ENSTGUG00000014539, ENSTGUG00000002904	ABCA4	ABCA7	ABCA2	ABCA1
2	ENSTGUG00000015717, ENSTGUG00000012898	FHDC1
2	MPRIP	TRIOBP
2	ENSTGUG00000013859, ENSTGUG00000007742	ABCG2
2	PDE8A, ENSTGUG00000007621, ENSTGUG00000015441	PDE8B
2	SOSTDC1	SOST
3	HK1\| HKDC1	GCK	HK3
3	PIK3C2A	PIK3C2G	PIK3C2B
2	SLC25A25	ENSTGUG00000004615
2	ENSTGUG00000008595, ENSTGUG00000017069	MCTP1
3	PPFIA4	PPFIA2	PPFIA1
2	RNF44	RNF38
2	SEMA5B	SEMA5A
2	ENSTGUG00000004040	ENSTGUG00000009077
3	ARHGAP40	ARHGAP18	ARHGAP28
2	WTIP	LIMD1
2	PRRC2C	PRRC2B
2	RASD1	RASD2
2	ENSTGUG00000016094, ENSTGUG00000010026	MYL9
2	TIPARP	ENSTGUG00000003925\| PARP9
2	KIF13B	KIF13A
2	TBX19	T
2	FAM107A	FAM107B
3	ENSTGUG00000016216, ENSTGUG00000001175, FAM13B	FAM13C\| ENSTGUG00000005540	ENSTGUG00000003064, ENSTGUG00000003051
3	ENSTGUG00000015208, ENSTGUG00000001158	COL13A1	COL25A1
2	AK4	AK3
2	FEM1A	FEM1C-Z
2	EEF1A1	EEF1A2
2	ENSTGUG00000009123, ENSTGUG00000014521	PRKAR2B
2	SPPL2A	SPPL2B
2	LDHB	ENSTGUG00000008930\| UEVLD
3	ENSTGUG00000017820	ENSTGUG00000017758	ENSTGUG00000017653
2	TMEM2	CEMIP
4	ENSTGUG00000001508	DLC1	STARD8	STARD13
3	CSMD2	ENSTGUG00000012292, ENSTGUG00000012272	CSMD1
4	MYOM1	MYOM3	ENSTGUG00000009209, ENSTGUG00000009215	MYOM2
2	TBK1	IKBKE
2	DSCAML1	DSCAM
2	CTCFL	CTCF
3	PDE1A	PDE1C	PDE1B
2	ENSTGUG00000002217, ENSTGUG00000002209	CDK13
2	NR5A2	NR5A1
2	NOTCH1	NOTCH2
2	FOSL2	FOS
2	ENSTGUG00000008681, ENSTGUG00000013852	PTPN2
3	CBX3	CBX1	CBX5
2	HOXA7	HOXB7
2	FZD1	FZD7
2	ENSTGUG00000014458, ENSTGUG00000015839	ENSTGUG00000015060, MAPK6
3	ENSTGUG00000008037, ENSTGUG00000016609, ENSTGUG00000017441	DOCK9	DOCK11
4	TOB2	BTG1	BTG4	TOB1
2	ESR1	PGR
2	ENSTGUG00000001412	MTMR9
2	ENSTGUG00000004703, ENSTGUG00000004711	CACNA2D1
5	ENSTGUG00000016529, ENSTGUG00000004612	TMC5\| TMC7	TMC3	TMC6	TMC1
4	ENSTGUG00000014575, ENSTGUG00000015571, ENSTGUG00000001440\| GABRA1\| ENSTGUG00000001461	ENSTGUG00000014929, ENSTGUG00000006374\| GABRA3	GABRA4\| GABRG1\| GABRA2	GABRA5\| GABRG3
2	LRP5	LRP6
3	ENSTGUG00000001610, ENSTGUG00000014460	PSD	PSD3
2	ENSTGUG00000007358, ENSTGUG00000014762	CAPSL
3	LSAMP	NEGR1	OPCML\| NTM
2	GRAMD3	GRAMD2
2	HNRNPAB	HNRNPD\| HNRNPDL
2	UPP1	UPP2
3	ENSTGUG00000014125	ENSTGUG00000009569	PRKAA1
2	TEK	TIE1
2	PHRF1	SCAF11
2	TIAM1	ENSTGUG00000011142, ENSTGUG00000011149
3	ENSTGUG00000014596, ENSTGUG00000004384	PAK2	PAK1
2	GMEB2	GMEB1
2	ZMIZ2	ZMIZ1
2	REEP5	REEP6
2	INPP4B	INPP4A
2	ENSTGUG00000012081, ENSTGUG00000014643	FAM161A
2	BPIFC	PLTP
2	ENSTGUG00000006334, ENSTGUG00000016343	GPSM2
3	CCNG1	CCNI2	CCNI\| CCNG2
3	FMNL2	FMNL3	FMNL1
2	MPPED1	MPPED2
2	CHORDC1	ITGB1BP2
6	AGTR2	ACKR3	BDKRB2\| BDKRB1	AGTR1	GPR15	GPR182
2	ENSTGUG00000004649, ENSTGUG00000016550	IKBKB
5	ENSTGUG00000014602, ENSTGUG00000005029	MATN2	MATN3	COL6A3	MATN1
2	MYO1E	ENSTGUG00000000346
2	ENSTGUG00000002983, ENSTGUG00000002990	FKBP7
2	ENSTGUG00000016480, ENSTGUG00000002289	ENSTGUG00000013062, ENSTGUG00000013061
2	SLAIN1	ENSTGUG00000005475
5	MARCO	LOXL4	ENSTGUG00000011039	LOXL2	LOXL1
3	AMOTL2	AMOT	AMOTL1
2	PDZRN3	PDZRN4
3	ENSTGUG00000013359, ENSTGUG00000014917	FAM46B	FAM46D
3	MAST4	MAST3	MAST2
2	CRLF1	GHR\| PRLR
2	RAB9B	RAB9A
4	SLITRK6	SLITRK4\| SLITRK2	SLITRK5	SLITRK3
4	ENSTGUG00000016320	ENSTGUG00000001484, ENSTGUG00000001483	ENSTGUG00000012991	ODZ1
2	ENSTGUG00000014580	CNDP2
2	REPS2	REPS1
2	ENSTGUG00000016319, ENSTGUG00000005786	SLC16A10
2	COL11A1	COL5A1
3	CNGA1	CNGA3	CNGA2
3	ENSTGUG00000016353, ENSTGUG00000013670, ENSTGUG00000013796, ENSTGUG00000015474, ENSTGUG00000005536\| EPB42\| ENSTGUG00000005513\| TGM2	F13A1	ENSTGUG00000009269
2	GALNTL6	GALNT10
2	PLA2G12A	PLA2G12B
3	CACNG4	CACNG2	CACNG3
3	ADGRB1	ADGRB2	ADGRB3
5	ENSTGUG00000015775, ENSTGUG00000004556	ENSTGUG00000004265	ENSTGUG00000016005	UNC5C	UNC5A
4	ENSTGUG00000016113	ENSTGUG00000012529, ENSTGUG00000012538	CACNA1D	CACNA1S
2	ENSTGUG00000001514, ENSTGUG00000015940	CALCRL
4	ENSTGUG00000016232	PCBP4	ENSTGUG00000008158	PCBP3
2	ENSTGUG00000016754, ENSTGUG00000002547	ENSTGUG00000005357, PER2
8	ENSTGUG00000003125, ENSTGUG00000013721	KLHL34\| KLHL15	KLHL42	KLHL14	KLHL26	KLHL32	KLHL31\| KBTBD11	KLHL22
2	ENSTGUG00000009224	ENSTGUG00000004133
2	ENSTGUG00000016360, ENSTGUG00000007912	WDFY2
3	RASSF3	RASSF1	RASSF5
4	ENSTGUG00000006917, ENSTGUG00000006238, ENSTGUG00000006551, ENSTGUG00000007149, ENSTGUG00000005906\| MYH13, ENSTGUG00000013838, ENSTGUG00000014847	ENSTGUG00000007833	MYH15	MYH7B
5	ADGRG6	ADGRD2	ADGRD1	ADGRG2	ADGRG1\| ADGRG3
2	SLC35A4	SLC35A5
2	MICU3	MICU2
2	ENSTGUG00000002010	CETN1
2	CSNK1D	CSNK1E
2	ENSTGUG00000014828, ENSTGUG00000013319	ZNF362
2	ORMDL3	ORMDL1
2	CAMK4	ENSTGUG00000000878
2	ENSTGUG00000016432, ENSTGUG00000014486, ENSTGUG00000002380	PLEK2
2	SLK	STK10
3	STK32A	STK32B	STK32C
2	NR2C2	NR2C1
2	ENSTGUG00000010602, ENSTGUG00000015538, ENSTGUG00000013827	PEX5
2	TCF12	TCF3
3	ENSTGUG00000008516, ENSTGUG00000014551	CYP27C1\| CYP27A1	CYP11A1
3	MYOD1	MYOG	MYF6\| MYF5
2	GRM2	GRM3
2	ENSTGUG00000015253, ENSTGUG00000004544	PRKCQ
2	ENSTGUG00000006567	ENSTGUG00000011974
2	KLHDC8B	KLHDC8A
4	ENSTGUG00000014146, ENSTGUG00000011857	DCLK3	DCLK2	DCX
2	ANKDD1A	ANKDD1B
2	ENSTGUG00000014226, ENSTGUG00000011668	IMPA2
2	KDM2A	KDM2B
3	GPC5	ENSTGUG00000005477	GPC3
2	ENSTGUG00000014432, ENSTGUG00000008916	ZFYVE16
2	MTRF1L	MTRF1
3	ENSTGUG00000007678, ENSTGUG00000016969	CA8\| CA2, ENSTGUG00000018183, CA13, ENSTGUG00000018507	CA7
3	ANK2	ANK1	ANK3
2	SLC38A4\| SLC38A1\| SLC38A2	SLC38A3
3	ENSTGUG00000015408, ENSTGUG00000008235	ENSTGUG00000014771, ENSTGUG00000017029, ENSTGUG00000001419	ATP10A
2	ENSTGUG00000007705, ENSTGUG00000016429	BTBD2
2	TPO	ENSTGUG00000003249
2	ENSTGUG00000006187, ENSTGUG00000016800	SEC16B
2	PCSK4	FURIN
2	GIPC3	GIPC2
2	WNT5A	WNT5B
2	ENSTGUG00000015181, ENSTGUG00000012947, ENSTGUG00000012955	SYNE1
6	HOXD12\| HOXD13\| HOXD11\| HOXD10	ENSTGUG00000002921\| HOXA10\| HOXA11	HOXB13	HOXB9	HOXC10	HOXC9
2	RALB	RALA
4	ENSTGUG00000014154, ENSTGUG00000015276, SLC26A4\| ENSTGUG00000003181\| ENSTGUG00000002808	ENSTGUG00000000228, ENSTGUG00000015539	SLC26A1	SLC26A9
3	ST6GALNAC3\| ST6GALNAC5	ST6GALNAC6\| ST6GALNAC4	ST6GAL2
2	ENSTGUG00000005351	RGL1
2	ENSTGUG00000011781	ABRA
4	GRIK1	GRIK4	GRIK3	GRIK2
2	ZIC1\| ZIC4	ZIC3
2	C8B\| C8A	C6\| C7\| C9
2	RIMBP2	BZRAP1
2	ENSTGUG00000015866, ENSTGUG00000006642	FAM214B
3	ENSTGUG00000001271, ENSTGUG00000001263, ENSTGUG00000001273, ENSTGUG00000001270, ENSTGUG00000017065, ENSTGUG00000016623	ENSTGUG00000006460\| PLA2R1, ENSTGUG00000015699	MRC2
3	FAM49A	ENSTGUG00000001249	FAM49B
2	GDF2	BMP10
3	ENSTGUG00000001603, ENSTGUG00000014563	TRIB1	TRIB2
2	AXIN2	AXIN1
2	HTR3A	ENSTGUG00000008780
3	CYBRD1	CYBASC3	CYB561
2	ENSTGUG00000013967, ENSTGUG00000000905	SBNO1
3	ENSTGUG00000017051, ENSTGUG00000012766	TRPC3	TRPC7
3	TET3	TET1	TET2
5	ENSTGUG00000004192\| ENSTGUG00000005736, ENSTGUG00000015897	R3HDML	PI15\| CRISPLD1	GLIPR1, ENSTGUG00000007376	PI16
6	ENSTGUG00000016561, ENSTGUG00000009891	ENSTGUG00000007888, ENSTGUG00000014994	ENSTGUG00000009983	ENSTGUG00000010254, ENSTGUG00000010257\| ENSTGUG00000010259	ENSTGUG00000016596, ENSTGUG00000016592	ENSTGUG00000003777
6	ENSTGUG00000002160, ENSTGUG00000014993	FGF5	FGF16	FGF12	FGF20	FGF9\| FGF14
6	ENSTGUG00000017158, ENSTGUG00000014312	ENSTGUG00000014525, ENSTGUG00000010292	ENSTGUG00000011397, CPXM2	AEBP1	CPE	CPN1
2	MED13L	MED13
3	ENSTGUG00000003263	AHRR	AHR
2	METTL11B	NTMT1
2	ENSTGUG00000001390, ENSTGUG00000013780	SLC25A39
4	ENSTGUG00000016940, ENSTGUG00000009441\| MC5R	MC3R	MC4R	MC1R
4	ENSTGUG00000017284, ENSTGUG00000004555	ENSTGUG00000014975, ENSTGUG00000002798, ENTPD2\| ENTPD8, ENSTGUG00000002526	ENTPD7\| ENSTGUG00000009148, ENSTGUG00000016570	ENTPD3
2	GPATCH2	GPATCH2L
2	ARHGAP39	ENSTGUG00000003078
3	ENSTGUG00000005207, ENSTGUG00000016381	KDM3B	ENSTGUG00000010803, ENSTGUG00000010832
2	ENSTGUG00000009932, ENSTGUG00000016892	YAF2
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2	ENSTGUG00000016966, ENSTGUG00000007336	PCMT1
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3	ENSTGUG00000007954, ENSTGUG00000007950	RNF215	RNF43
2	ENSTGUG00000008809, ENSTGUG00000016370	ENSTGUG00000015503, ENSTGUG00000014557, ENSTGUG00000007540
3	CCND2	CCND1	CCND3
2	DGKB	DGKG
4	ENSTGUG00000014759, ENSTGUG00000017131, ENSTGUG00000002439	VIL1	GSN	VILL
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2	ENSTGUG00000015930, ENSTGUG00000015923	KMT2C
3	NRCAM	NFASC	CHL1
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6	CPB1	CPA6	CPA1	CPB2	CPO	ENSTGUG00000014867
2	CMTM6	CMTM4
2	SFT2D1	SFT2D2
2	CYLD	ENSTGUG00000012755
3	P3H1	P3H2	P3H3
2	ARHGEF11	ARHGEF12
2	IHH	SHH
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2	COL24A1	COL27A1
2	CAPN9	CAPN3
3	SLC9A6	SLC9A7	SLC9A9
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4	RHBG	ENSTGUG00000001107	RHAG	RHCG
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2	ENSTGUG00000016974, ENSTGUG00000007004	ENSTGUG00000006622, ENSTGUG00000006600
2	SMAD3	SMAD2
2	COPS7B	COPS7A
2	CDK14	CDK15
3	DISP2	DISP1	PTCHD2
2	KIAA0922	TMEM131
2	PACS1	PACS2
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2	SPIC	SPI1