OHNOLOGS

A Repository of Genes Retained from Whole Genome Duplications in the Vertebrate Genomes

Ohnolog families for zebra Finch (Taeniopygia guttata) for criterion: q-score(outgroups) < 0.001 AND q-score(self comparison) < 0.001 from 2R WGD

Family Size	Ohnolog Family
3	ENSTGUG00000001112	SRGAP3	SRGAP1
3	ENSTGUG00000007131, ZBTB46	ZBTB10	ZBTB8A, ENSTGUG00000018465\| ENSTGUG00000001374
3	ATP11A	ENSTGUG00000015467	ATP11C
3	ENSTGUG00000015721, ENSTGUG00000012700	PTP4A1	ENSTGUG00000017343, ENSTGUG00000017341
2	ENSTGUG00000014538, ENSTGUG00000004707	STX3
2	ENSTGUG00000016603, ENSTGUG00000007685	ENSTGUG00000006312
2	UBR2	UBR1
3	MGAT4B	MGAT4A	MGAT4D
3	ENSTGUG00000014369, ENSTGUG00000011490	ENSTGUG00000000952, ENSTGUG00000000944	FGD3
2	ENSTGUG00000015323, ENSTGUG00000007111, ENSTGUG00000014326	ULK1
2	ENSTGUG00000015572, ENSTGUG00000015578\| HOXC6	HOXB8
2	SEZ6L	SEZ6
2	PDZD3	PDZK1
3	ENSTGUG00000011644, ENSTGUG00000016670	ENSTGUG00000010025	JAKMIP2
3	HDAC7	HDAC4	HDAC9
2	RPRD1B	RPRD1A
2	CDK17	CDK18
2	SLC44A5	SLC44A2
3	ENSTGUG00000015059, ENSTGUG00000000871	ENSTGUG00000001856\| ENSTGUG00000001847, ENSTGUG00000016866	ENSTGUG00000006860
3	LGI2\| ENSTGUG00000009517, ENSTGUG00000013999	ADGRA2	LGI1\| ADGRA1
2	LCORL	LCOR
2	VPS13A	ENSTGUG00000005322, ENSTGUG00000005229
3	MYH10	MYH11	MYH9
3	ENSTGUG00000007682, ENSTGUG00000014347	HOMER1	HOMER3
4	ELAVL2	ELAVL4	ELAVL1	ELAVL3
4	GRIA2	GRIA3	GRIA4	GRIA1
2	CLTA	CLTB
3	VRK3	VRK1	VRK2
3	ENSTGUG00000014629, ENSTGUG00000007473, ENSTGUG00000014502	ANKRD13B	ANKRD13D
2	STAU2	STAU1
2	ENSTGUG00000015271, ENSTGUG00000005518	INPP5J
2	ENSTGUG00000011455, ENSTGUG00000011454	FAM175A
2	NT5C3B	NT5C3A
2	CABP1	CABP2
5	ENSTGUG00000016520, ENSTGUG00000011516	PKP1	PKP3	CTNND2	PKP4
3	SCGN	CALB2	CALB1
3	ABCC2	ABCC3	ABCC1\| ABCC6
3	PLCXD3	PLCXD1	PLCXD2
3	ENSTGUG00000007056, ENSTGUG00000015431	PPP3CA	PPP3CC
3	SLC4A2	SLC4A1	SLC4A3
2	ENSTGUG00000014120, ENSTGUG00000009791, ENSTGUG00000013688	FRMD4A
2	ABCG2	ENSTGUG00000007742
2	MPRIP	TRIOBP
2	PDE8A, ENSTGUG00000007621, ENSTGUG00000015441	PDE8B
3	GCK	HK1\| HKDC1	HK3
3	PIK3C2A	PIK3C2G	PIK3C2B
2	ENSTGUG00000004615	SLC25A25
2	ENSTGUG00000008595, ENSTGUG00000017069	MCTP1
2	ENSTGUG00000004040	ENSTGUG00000009077
2	WTIP	LIMD1
2	PRRC2C	PRRC2B
2	ENSTGUG00000016094, ENSTGUG00000010026	MYL9
2	KIF13A	KIF13B
3	ENSTGUG00000016216, ENSTGUG00000001175, FAM13B	FAM13C\| ENSTGUG00000005540	ENSTGUG00000003064, ENSTGUG00000003051
3	ENSTGUG00000015208, ENSTGUG00000001158	COL13A1	COL25A1
2	AK3	AK4
2	EEF1A1	EEF1A2
2	ENSTGUG00000009123, ENSTGUG00000014521	PRKAR2B
2	SPPL2B	SPPL2A
2	LDHB	ENSTGUG00000008930\| UEVLD
4	STARD8	ENSTGUG00000001508	DLC1	STARD13
2	CSMD2	CSMD1
2	TBK1	IKBKE
2	CTCFL	CTCF
2	PDE1A	PDE1C
2	ENSTGUG00000002217, ENSTGUG00000002209	CDK13
2	NR5A1	NR5A2
2	NOTCH1	NOTCH2
2	FOS	FOSL2
2	ENSTGUG00000013852, ENSTGUG00000008681	PTPN2
3	CBX3	CBX1	CBX5
2	HOXA7	HOXB7
3	ENSTGUG00000008037, ENSTGUG00000016609, ENSTGUG00000017441	DOCK11	DOCK9
2	MTMR9	ENSTGUG00000001412
2	CACNA2D1	ENSTGUG00000004703, ENSTGUG00000004711
3	ENSTGUG00000016529, ENSTGUG00000004612	TMC5\| TMC7	TMC6
4	ENSTGUG00000014575, ENSTGUG00000015571, ENSTGUG00000001440\| GABRA1\| ENSTGUG00000001461	ENSTGUG00000014929, ENSTGUG00000006374\| GABRA3	GABRA4\| GABRG1\| GABRA2	GABRA5\| GABRG3
3	ENSTGUG00000001610, ENSTGUG00000014460	PSD	PSD3
2	OPCML\| NTM	LSAMP
2	HNRNPD\| HNRNPDL	HNRNPAB
2	UPP1	UPP2
2	TEK	TIE1
2	PHRF1	SCAF11
2	TIAM1	ENSTGUG00000011142, ENSTGUG00000011149
3	ENSTGUG00000004384	PAK1	PAK2
2	ZMIZ2	ZMIZ1
2	REEP5	REEP6
2	INPP4B	INPP4A
2	ENSTGUG00000012081, ENSTGUG00000014643	FAM161A
2	ENSTGUG00000006334, ENSTGUG00000016343	GPSM2
2	CCNI	CCNI2
3	FMNL2	FMNL1	FMNL3
2	MPPED1	MPPED2
2	CHORDC1	ITGB1BP2
2	ENSTGUG00000004649, ENSTGUG00000016550	IKBKB
2	ENSTGUG00000016480, ENSTGUG00000002289	ENSTGUG00000013062, ENSTGUG00000013061
3	AMOTL2	AMOT	AMOTL1
2	PDZRN3	PDZRN4
3	ENSTGUG00000013359, ENSTGUG00000014917	FAM46D	FAM46B
3	MAST4	MAST2	MAST3
2	RAB9B	RAB9A
4	ENSTGUG00000016320	ENSTGUG00000001484, ENSTGUG00000001483	ODZ1	ENSTGUG00000012991
2	ENSTGUG00000016319, ENSTGUG00000005786	SLC16A10
2	COL11A1	COL5A1
3	CNGA1	CNGA3	CNGA2
2	GALNTL6	GALNT10
2	CACNG4	CACNG3
5	ENSTGUG00000015775, ENSTGUG00000004556	ENSTGUG00000016005	UNC5C	UNC5A	ENSTGUG00000004265
4	ENSTGUG00000016113	CACNA1D	CACNA1S	ENSTGUG00000012529, ENSTGUG00000012538
2	ENSTGUG00000016232	PCBP3
2	ENSTGUG00000016754, ENSTGUG00000002547	ENSTGUG00000005357, PER2
2	ENSTGUG00000009224	ENSTGUG00000004133
2	ENSTGUG00000016360, ENSTGUG00000007912	WDFY2
3	RASSF1	RASSF5	RASSF3
2	ADGRG6	ADGRG2
2	MICU3	MICU2
2	CSNK1D	CSNK1E
2	ENSTGUG00000014828, ENSTGUG00000013319	ZNF362
2	ORMDL3	ORMDL1
2	SLK	STK10
3	STK32B	STK32A	STK32C
2	NR2C2	NR2C1
2	ENSTGUG00000010602, ENSTGUG00000015538, ENSTGUG00000013827	PEX5
2	TCF3	TCF12
3	MYOG	MYOD1	MYF6\| MYF5
2	GRM2	GRM3
2	ENSTGUG00000015253, ENSTGUG00000004544	PRKCQ
3	ENSTGUG00000014146, ENSTGUG00000011857	DCLK2	DCX
2	ENSTGUG00000014226, ENSTGUG00000011668	IMPA2
2	KDM2A	KDM2B
3	GPC5	GPC3	ENSTGUG00000005477
3	ENSTGUG00000007678, ENSTGUG00000016969	CA7	CA2, ENSTGUG00000018183, CA13, ENSTGUG00000018507
2	ENSTGUG00000015408, ENSTGUG00000008235	ENSTGUG00000014771, ENSTGUG00000017029, ENSTGUG00000001419
2	ENSTGUG00000007705, ENSTGUG00000016429	BTBD2
2	ENSTGUG00000016800, ENSTGUG00000006187	SEC16B
2	GIPC2	GIPC3
2	WNT5A	WNT5B
2	ENSTGUG00000008516, ENSTGUG00000014551	CYP11A1
2	ENSTGUG00000015181, ENSTGUG00000012947, ENSTGUG00000012955	SYNE1
2	HOXA11	HOXD12\| HOXD11
2	RALB	RALA
2	ENSTGUG00000003181, ENSTGUG00000015276	SLC26A9
2	ST6GALNAC3\| ST6GALNAC5	ST6GALNAC6\| ST6GALNAC4
2	ENSTGUG00000005351	RGL1
2	ENSTGUG00000011781	ABRA
4	GRIK1	GRIK4	GRIK3	GRIK2
2	ZIC1\| ZIC4	ZIC3
2	C8B\| C8A	C6\| C7\| C9
2	BZRAP1	RIMBP2
3	FAM49A	ENSTGUG00000001249	FAM49B
2	AXIN2	AXIN1
2	ENSTGUG00000008780	HTR3A
2	ENSTGUG00000013967, ENSTGUG00000000905	SBNO1
3	ENSTGUG00000017051, ENSTGUG00000012766	TRPC3	TRPC7
3	TET1	TET3	TET2
5	ENSTGUG00000004192\| ENSTGUG00000005736, ENSTGUG00000015897	PI15\| CRISPLD1	R3HDML	GLIPR1, ENSTGUG00000007376	PI16
5	ENSTGUG00000014993, ENSTGUG00000002160	FGF9\| FGF14	FGF16	FGF12	FGF20
5	ENSTGUG00000017158, ENSTGUG00000014312	ENSTGUG00000014525, ENSTGUG00000010292	ENSTGUG00000011397, CPXM2	AEBP1	CPN1
2	AHRR	AHR
2	MED13L	MED13
2	METTL11B	NTMT1
2	ENSTGUG00000001390, ENSTGUG00000013780	SLC25A39
4	ENSTGUG00000016940, ENSTGUG00000009441\| MC5R	MC3R	MC4R	MC1R
2	GPATCH2	GPATCH2L
2	ARHGAP39	ENSTGUG00000003078
3	ENSTGUG00000005207, ENSTGUG00000016381	KDM3B	ENSTGUG00000010803, ENSTGUG00000010832
2	ANO1	ANO2
2	ENSTGUG00000015762, ENSTGUG00000011881	CCNA2
4	AFF4	ENSTGUG00000010075, ENSTGUG00000010070	AFF1	AFF2
2	ENSTGUG00000011748	ENSTGUG00000002359, ENSTGUG00000002353
2	KCNK17	ENSTGUG00000013021
2	OSBPL10	OSBPL11
2	GYG2	GYG1
2	FEZF2	FEZF1
2	ENSTGUG00000005025	NF2
3	ENSTGUG00000006887, ENSTGUG00000015216	DRP2	ENSTGUG00000010792, ENSTGUG00000010789, ENSTGUG00000010791
2	EZH1	EZH2
3	KCNIP1	KCNIP4	KCNIP2
4	DEPDC1B	DEPDC4	DEPDC7	DEPDC1
2	NLN	THOP1
4	MMP24	MMP11	MMP17	MMP16
2	PHF20	ENSTGUG00000012561, ENSTGUG00000012558
3	ENSTGUG00000017182, ENSTGUG00000009847	TFEC	TFEB
2	ENSTGUG00000013790, ENSTGUG00000002901	ENSTGUG00000015684, ENSTGUG00000012084
2	DLL1	DLL4
2	CRYAB	ENSTGUG00000005872
2	TSPAN6	ENSTGUG00000006670
2	IGSF9	IGSF9B
2	ENSTGUG00000008921, LRRC16A	RLTPR
2	ENSTGUG00000005932, ENSTGUG00000017086	ENSTGUG00000013916, ENSTGUG00000010449
2	RERE	ATN1
2	ENSTGUG00000002222, ENSTGUG00000002226	ENSTGUG00000010630
2	ENSTGUG00000016574, ENSTGUG00000004624	FAM149A
2	KSR1	KSR2
2	ENSTGUG00000002823	FDX1
3	SYTL4	SYTL2	SYTL5
2	PGM2L1	PGM2
5	ENSTGUG00000013912, ENSTGUG00000009905	SLC5A11	SLC5A8	SLC5A12	ENSTGUG00000015599
2	PRELID3B	PRELID3A
3	PCDH1	ENSTGUG00000012481\| PCDH9	ENSTGUG00000002396
2	FRRS1	FRRS1L
2	RNF114	RNF166
2	ENSTGUG00000010344, ENSTGUG00000010330	ERBB2IP
2	STX7	STX12
2	ENSTGUG00000013948, ENSTGUG00000009433	C1S\| ENSTGUG00000013261
5	ENSTGUG00000014193, ENSTGUG00000008187	ST14	TMPRSS12	TMPRSS7	TMPRSS6
2	ENSTGUG00000015648, ENSTGUG00000007695	PHKA1
3	ENSTGUG00000006960	ENSTGUG00000006387	ENSTGUG00000017436\| ENSTGUG00000017507
3	RLBP1	TTPA	TTPAL
2	ENSTGUG00000007738, ENSTGUG00000015996	CABLES1
2	RXRG	RXRA
4	ENSTGUG00000012813, ENSTGUG00000015411	ENSTGUG00000007251	ENSTGUG00000000950, ENSTGUG00000000945	SESN1
2	ENSTGUG00000012352, ENSTGUG00000016068	ENPP1
3	WWC2	WWC3	WWC1
2	STAC3	STAC
3	ENSTGUG00000000228, ENSTGUG00000015539	ENSTGUG00000014154, ENSTGUG00000002808	SLC26A1
2	ASCL4	ASCL3
3	NR4A3	ENSTGUG00000012173, ENSTGUG00000012179	NR4A1
2	LIMK1	LIMK2
4	CAMK2D	CAMK2B	ENSTGUG00000006843, ENSTGUG00000006748	CAMK2A
3	ENSTGUG00000014869, ENSTGUG00000011416	MYL3	MYL4
2	PARP6	PARP8
2	ENSTGUG00000007662, ENSTGUG00000014335	NARFL
2	ITIH2\| ITIH5	ENSTGUG00000005650
2	ZNF541, ELMSAN1	TRERF1
2	MMP9	MMP2
6	ITGB1	ITGB4	ITGB6	ITGB2	ITGB8	ENSTGUG00000003122
2	RNF144B	RNF144A
2	SAR1B	SAR1A
2	ENSTGUG00000015310, ENSTGUG00000003944	EAF2
3	ZSWIM5	ZSWIM6	ZSWIM8
2	WNT2B	WNT2
2	ENSTGUG00000012809, ENSTGUG00000014735	CEP57L1
2	ENSTGUG00000010271, ENSTGUG00000013730	CBX2\| CBX4\| CBX8
2	ENSTGUG00000001162, ENSTGUG00000016515	ENSTGUG00000004067, ENSTGUG00000016288
2	ENSTGUG00000003899, ENSTGUG00000015201	SMARCA5
2	ENSTGUG00000015343, ENSTGUG00000007223	LLGL2
2	RHOBTB2	RHOBTB1
2	CHD5	CHD4
2	PGRMC1	PGRMC2
2	ENSTGUG00000004228, ENSTGUG00000014133	HEXB
2	TTYH3	TTYH2
5	SLC16A3	ENSTGUG00000009630	SLC16A5	SLC16A7	SLC16A1
5	GRB10	APBB1IP	RAPH1	GRB14	GRB7
4	RGS2\| RGS8\| RGS4\| RGS16\| RGS5	RGS17	ENSTGUG00000002599, ENSTGUG00000002595	RGS20
2	ADARB1	ADARB2
2	PAPPA2	PAPPA
4	NEB	NEBL	LASP1	NRAP
2	DENND6A	DENND6B
5	CRMP1	DPYSL5	DPYSL2	DPYSL4	DPYSL3
3	ENSTGUG00000016971, ENSTGUG00000006847, TMOD2	TMOD4	TMOD1
2	USP42, ENSTGUG00000000734, ENSTGUG00000007549	USP36
2	ENSTGUG00000012069, ENSTGUG00000014925, ENSTGUG00000014492	ENSTGUG00000014664, ENSTGUG00000005981
2	BTBD11	ABTB2
2	KCTD10	ENSTGUG00000008725, ENSTGUG00000008714
3	SLC6A13	SLC6A11	ENSTGUG00000008855\| SLC6A6
2	KIF26B	KIF26A
2	ENSTGUG00000016176, ENSTGUG00000000746	ESYT3
2	LMO7	LIMCH1
3	ADAP1, ENSTGUG00000013868	ENSTGUG00000010529	ADAP2
2	ENSTGUG00000015430, ENSTGUG00000011201	PLPP5
2	ENSTGUG00000010616, ENSTGUG00000014413	CYTH3
3	CELSR1	CELSR2	CELSR3
3	PARD6A	PARD6G	PARD6B
4	TCIRG1	ATP6V0A4	ATP6V0A2	ATP6V0A1
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2	UAP1L1	UAP1
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2	ENSTGUG00000007027	RHOG
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4	ATP2B3	ATP2B4	ATP2B2	ATP2B1
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3	APBB3	APBB1	APBB2
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2	ENSTGUG00000015696, ENSTGUG00000007067	ARVCF
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2	CYFIP1	CYFIP2
4	SCAMP3	SCAMP1	SCAMP2\| SCAMP5	SCAMP4
2	ENSTGUG00000013818, ENSTGUG00000008060	GAD2
2	GAK	DNAJC6
3	ENSTGUG00000009552, ENSTGUG00000016952	PLPP2	PLPP1
2	AP1B1	AP2B1
2	ENSTGUG00000009352, ENSTGUG00000016945	CADPS2
3	ENSTGUG00000017207, ENSTGUG00000007005	CKB	ENSTGUG00000010247
2	IPO8	IPO7
2	RBP2	RBP5
2	ENSTGUG00000006788, ENSTGUG00000014288	NOX3
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4	ARHGAP10	ARHGAP42	OPHN1	ENSTGUG00000000148, ENSTGUG00000000156
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2	AUTS2	FBRSL1
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2	ENSTGUG00000013652, ENSTGUG00000011950	KIF5B
3	ETV5	ETV4	ETV1
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2	ENSTGUG00000005192, ENSTGUG00000015824	CYB5R3
3	ENSTGUG00000015917	ENSTGUG00000011368	ARFGEF2
2	SLTM	ENSTGUG00000000502, ENSTGUG00000000489
3	ENSTGUG00000014112, ENSTGUG00000017403	DAB2IP	SYNGAP1
2	ENSTGUG00000010461	ENSTGUG00000006691
2	RAB5C	RAB5A
2	ENSTGUG00000000551\| ENSTGUG00000000573	TLE3
2	TPPP3	TPPP
2	RALGPS1	RALGPS2
2	RASGRP1	RASGRP3
4	ENSTGUG00000009735, ENSTGUG00000016446	FHL3	FHL1	FHL5
3	BRD1	BRPF1	BRPF3
2	FGF2	FGF1
5	FYN	LYN\| YES1	BLK	ENSTGUG00000000957	SRC\| HCK
2	ENSTGUG00000004330	PCBD2
2	ENSTGUG00000016072, ENSTGUG00000010772	RHOU
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2	SYNGR3	SYNGR2
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3	PLCL2	PLCL1	ENSTGUG00000002570
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2	ENSTGUG00000014184, ENSTGUG00000003483	ENSTGUG00000009185, ENSTGUG00000016233
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2	MAP1LC3A	ENSTGUG00000007601
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2	EFNB2	EFNB1
2	KLF6	KLF7
2	ENSTGUG00000011653, ENSTGUG00000016899	RYR1
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3	ENSTGUG00000014499, ENSTGUG00000011322	MAPT	MAP4
3	ENSTGUG00000004728, ENSTGUG00000012405	SNTB2	SNTA1
2	ENSTGUG00000014814, ENSTGUG00000007008	AK1
2	NECAP1	ENSTGUG00000001985, ENSTGUG00000018554
3	RARG	ENSTGUG00000015785	RARA
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2	APCDD1	APCDD1L
3	CA6	ENSTGUG00000008926	CA4
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2	ENSTGUG00000006962, ENSTGUG00000002397	PPP4R3A
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3	SLC12A4	SLC12A5	SLC12A7
2	ADAMTS5\| ADAMTS1	ADAMTS15\| ADAMTS8
2	GPR137B	GPR137C
2	WIPI2	WIPI1
3	ENSTGUG00000018428, ENSTGUG00000003102, ENSTGUG00000003152	ENSTGUG00000004414	UGT8
2	RPL22	ENSTGUG00000010938, ENSTGUG00000010942
2	ARID5B	ARID5A
3	SFN, YWHAQ	ENSTGUG00000012078, ENSTGUG00000016208	YWHAB
2	POC1A	POC1B
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2	CD9	CD81
2	RPL3	RPL3L
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2	LSM14B	LSM14A
2	ENSTGUG00000015969, ENSTGUG00000012920	ME1
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3	PPRC1	PPARGC1A	PPARGC1B
3	PDLIM7	LDB3	PDLIM5
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3	HGF	PLAT	MST1
2	GFI1	GFI1B
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2	ENSTGUG00000016606, ENSTGUG00000008628	PPM1E
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2	NRXN1	ENSTGUG00000012363, ENSTGUG00000012355, ENSTGUG00000012365
2	GNPDA2	GNPDA1
2	PPP1R3A	PPP1R3D
2	HERPUD1	HERPUD2
2	ENSTGUG00000010177, ENSTGUG00000015218	ENSTGUG00000007041
2	SMOC1	SMOC2
3	ENSTGUG00000016057, ENSTGUG00000003021	SYNPR	SYPL2
2	PAXBP1	GCFC2
2	SEC31A	SEC31B
2	ENSTGUG00000002471, ENSTGUG00000015361	SPTLC2
2	SH3RF1	SH3RF3
2	TLL2	TLL1
3	CELF3	ENSTGUG00000004278	CELF5
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2	ATP6AP1	ATP6AP1L
2	ENSTGUG00000015933, ENSTGUG00000009772	SREBF1
2	CEP85	CEP85L
2	WNT3	WNT3A
2	BICD2	BICD1
3	TXLNB	TXLNA	TXLNG
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2	PTCH2	PTCH1
2	CYB5A	CYB5B
2	SEC14L5	SEC14L1